Ook wordt de VOC in verband gebracht met het begin van het Nederlands kolonialisme. De Nederlandse aanwezigheid in de Indische archipel was een lange periode van onderdrukking, uitbuiting en geweld waarvan vooral de inheemse bevolking het slachtoffer werd.
Volgens sommige wetenschappers heeft 400 jaar kolonialisme ook invloed op de wijze waarop in de huidige samenleving naar minderheden wordt gekeken. Hierover worden regelmatig felle debatten gevoerd tussen aanhangers en tegenstanders van dit idee.
VOC als cultuurelement
Ondanks de schaduwzijden, vormt de VOC een inspiratiebron voor allerlei zaken. Zo bestaan er bijvoorbeeld naast VOC- bordspellen ook VOC-menu's in toeristische restaurants, een VOC -achtbaan in de Efteling en kunnen er VOC-boottochten gemaakt worden op het IJsselmeer.